Обіжники Міністерства торгівлі та промисловості та документи про встановлення територіальних кордонів порту, про його благоустрій та облаштування, про діяльність та пропускну спроможність порту, про рух суден та вантажообіг; про стан гідрометеорологічної служби, про аварії та судна, що затонули; про мобілізацію працівників порту і залучення суден до виконання військово-судної повинності у зв’язку з початком першої світової війни.
Документи про страйки робітників порту.
Протоколи і журнали засідань комітету у портових справах.
Звіти про діяльность порту.
Суднові журнали.
Документи про заходи запобігання епідемічним захворюванням; про роботу лазаретів порту.
Днопоглиблювальний відділ (1903-1919)
Документи про поглиблення фарватерів, підходів до Варварівської пристані; про очищення Очаківського каналу, влаштування набережних, виготовлення та ремонт землечерпальних машин.
Звіти про поглиблення каналів і визначення навігаційного періоду для району Миколаївського порту.
Будівельний відділ (1904-1917)
Документи про збудування та ремонт портових будинків та будівель; про будівництво набережних у Миколаївському та Херсонському портах, водоводних магістралей і рейкових шляхів.
Особовий склад (1910-1916, 1918)
Документи про службу інженера Д.Ю.Акіменко.
Документи про видачу довідок про плавання на суднах.
Судноремонтний відділ (1909-1915)
Документи про збудування буксирно-черпального пароплава, про іспити і ремонт механізмів суден, виготовлення парових котлів.
Технічний відділ (1904-1915)
Документи про технічний огляд суден, улаштування електричного освітлення в портовій поліцейській дільниці та спорудження елеватора, ремонт залізничних шляхів.
Проект розширення каналу у Аджигольської коси.
Документи про порти Скадовськ та Хорли.
Експлуатаційний відділ (1866-1867, 1873-1879, 1919)
Документи про вантажообіг, про віддачу в аренду портової території пароплавним товариствам, улаштування пакгаузів та ін. споруд; улаштування електричного освітлення в порту.
Розрахункові відомості на видачу платні службовцям порту.